R FAQ v2.4 - 5章の日本語訳 (5.1.4 [g-z])

gcrma: 配列情報を用いたバックグラウンド補正.
genArise: 2色マイクロアレイ (dual color microarray) データに関するツール.
geneRecommender: 問い合わせ遺伝子の組と共発現している遺伝子を同定するための遺伝子推薦アルゴリズム (A gene recommender algorithm to identify genes coexpressed with a query set of genes).
genefilter: 幅広い種類のフィルタリング関数を用いて遺伝子を逐次的にフィルタリングするためのツール群. フィルターの例には以下のものを含みます: 欠損値の数, 発現量尺度の変化係数, ANOVA p-値, Cox モデルの p-値. 複数のフィルタリング関数の遺伝子への逐次的な適用. (Tools for sequentially filtering genes using a wide variety of filtering functions. Example of filters include: number of missing value, coefficient of variation of expression measures, ANOVA p-value, Cox model p-values. Sequential application of filtering functions to genes.)
geneplotter: ゲノム・データのためのグラフィカル・ツール. たとえば, 染色体に沿った発現データのプロットや発現データ行列のカラー・イメージの生成.
gff3Plotter: ゲノム配置上に実験データをプロットします.
globaltest: ある遺伝子群が, 関心のある臨床的変数 (clinical variable) に有意に関連しているかどうかを大域的に検定します.
goCluster: アノテーション・データと連動したクラスタリング結果の分析.
goTools: Gene Ontology (遺伝子オントロジー) データベースを用いた oligo ID の記述/比較のための関数群.
gpls: 2群および多群分類のための一般化部分最小二乗法 (generalized partial least squares) を用いた分類.
graph: R 内部でグラフを生成したり操作するためのクラスおよびツール群.
gtkWidgets: RGtk を用いて構築されたウィジェット.
hexbin: binning (ビンニング) 関数, とくにグラフ描画のための hexagonal bins (空間を 6角形で色分けしたもの).
hopach: 階層型順序付き分割および縮小のハイブリッド (Hierarchical Ordered Partitioning and Collapsing Hybrid (HOPACH)).
hypergraph: 超グラフを表現したり操作するための機能.
iSPlot: 同一のデータセットに基づく複数のヴューを関連付けます.
idiogram: 染色体上の位置によってゲノム・データをプロットします.
impute: マイクロアレイ・データのための欠損値の補填 (imputation) (現在のところ KNN (k-最近傍法) のみ).
limma: マイクロ・アレイ・データについての線形モデル.
limmaGUI: パッケージ limma のためのグラフィカル・ユーザー・インターフェイス.
logicFS: SNP の相互作用の同定 (Identification of SNP interactions).

maCorrPlot: マイクロアレイ・データにおける人工的な相関を可視化します.
maDB: マイクロアレイ分析のためのマイクロアレイ・データベースおよびユーティリティ関数群.
maSigPro: 経時変化マイクロアレイ・データにおける有意な遺伝子発現プロファイルの差異 (Significant gene expression profile differeneces in time course microarray data).
maanova: マイクロアレイの実験を分析するためのツール群.
macat: マイクロアレイ染色体分析ツール (MicroArray Chromosome Analysis Tool).
made4: ADE4 を用いたマイクロアレイ・データの多変量分析.
makecdfenv: 2つの関数. ひとつは, Affymetrix のチップ記述ファイル (chip description file (CDF)) を読み込み, 位置/プローブ・セットのメンバーシップ・マッピング (location/probe set membership mapping) を含むハッシュ・テーブル環境を生成します. もうひとつの関数は, その環境を自動的にロードするパッケージを生成します.
marray: 2色にスポットされたマイクロアレイ・データに関する探索的分析 (Exploratory analysis for two-color spotted microarray data).
matchprobes: アレイ上のプローブの配列マッチングのためのツール群.
metaArray: メタアナリシスのためのマイクロアレイ・データの統合.
mmgmos: オリゴヌクレオチド・シグナルのマルチ‐チップ修正ガンマ・モデル (Multi-chip Modified Gamma Model of Oligonucleotide Signal).
multtest: family-wise error rate (FWER) および false discovery rate (FDR) を制御するための複数の検定処理. 1- および 2-因子計画に関する t- あるいは F-統計量に基づいて検定を行うことができます. また, 補正された p-値を推定するために置換処理が利用可能です (Multiple testing procedures for controlling the family-wise error rate (FWER) and the false discovery rate (FDR). Tests can be based on t- or F-statistics for one- and two-factor designs, and permutation procedures are available to estimate adjusted p-values).
nnNorm: ロバストなニューラル・ネットに基づいた cDNA マイクロアレイ・データについての空間的・強度ベースの正規化 (Spatial and intensity based normalization of cDNA microarray data based on robust neural nets).
nudge: 正規一様な差次的遺伝子発現の検出 (Normal Uniform Differential Gene Expression detection).
ontoTools: オントロジーを取り扱うためのグラフおよび疎行列; 出所 (由来) 管理を伴う命名法についての形式的オブジェクト (Graphs and sparse matrices for working with ontologies; formal objects for nomenclatures with provenance management).
pairseqsim: アフィン・ギャップ・ペナルティを持つグローバル, ローカルおよびオーバーラップ・アライメントについてのペアワイズ配列アライメントおよびスコアリング・アルゴリズム (Pairwise sequence alignment and scoring algorithms for global, local and overlap alignment with affine gap penalty).
pamr: Pam: マイクロアレイについての予測分析 (Prediction Analysis for Microarrays).
panp: マイナス鎖 (ネガティヴ・ストランド) マッチング・プローブセット内の遺伝子の存在-不在の判定 (Presence-Absence calls from Negative strand matching Probesets).
pathRender: 分子経路を描画します (Render molecular pathways).
pdmclass: 罰則化判別法を用いたマイクロアレイ標本の分類 (CLASSification of microarray samples using Penalized Discriminant Methods).
pgUtils: PostgreSQL データベースのためのユーティリティ関数群.
pickgene: マイクロアレイ発現データ分析のための適応型遺伝子選択 (Adaptive gene picking for microarray expression data analysis).
plgem: べき乗則大域的誤差モデル (Power Law Global Error Model).
plier: Affymetrix PLIER (Probe Logarithmic Error Intensity Estimate) アルゴリズムを実装します.
prada: 細胞アッセイおよび蛍光検出に基づくハイスループット表現型検査実験のデータを分析・操作するためのツール群 (Tools for analyzing and navigating data from high-throughput phenotyping experiments based on cellular assays and fluorescent detection).
qtlvalue: false discovery rate の制御のための q-値の推定.
rama: マイクロアレイのロバスト分析: ベイズ階層モデルを用いた複製を伴う cDNA マイクロアレイ強度のロバスト推定 (Robust Analysis of MicroArrays: robust estimation of cDNA microarray intensities with replicates using a Bayesian hierarchical model).
reb: 局所的な発現の偏り (Regional Expression Biases).
reposTools: ファイルのリポジトリーを扱うためのツール群. これを用いることによって, ユーザーは, パッケージ, ヴィネットおよびその他のファイル群を容易にインストール, アップデート, 配布することができます.
rfcdmin: RFlowCyt の例のためのデータセット.
rflowcyt: 解析的フロー・サイトメトリー (analytic flow cytometry) のための統計ツールおよびデータ構造.
safe: 機能および発現についての有意性分析 (Significance Analysis of Function and Expression).
sagenhaft: SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) ライブラリー群を読み込んだり, 比較するための関数群.
siggenes: マイクロアレイの有意性分析 (Significance Analysis of Microarrays (SAM)) およびマイクロアレイの経験ベイズ分析 (Empirical Bayes Analyses of Microarrays (EBAM)) の両方を用いて, 発現の仕方が異なっている遺伝子 (differentially expressed genes) を同定したり, False Discovery Rate (FDR) を推定します.
simpleaffy: Affymetrix データについての非常に単純な高レヴェル分析 (Very simple high level analysis of Affymetrix data).
simulatorAPMS: AP-MS 技術を計算的にシミュレートします.
sizepower: マイクロアレイ研究における標本サイズおよびパワー計算 (sample size and power calculation).
snapCGH: aCGH データのセグメント化, 標準化および処理.
splicegear: 選択的スプライシング (alternative splicing) を扱うためのツール集.
spotSegmentation: マイクロアレイのスポットのブロックについてのマイクロアレイ・スポットのセグメント化およびグリッド作成 (Microarray spot segmentation and gridding for blocks of microarray spots).
sscore: Affymetrix オリゴヌクレオチド・マイクロアレイのための s-score アルゴリズム.
ssize: マイクロアレイの標本サイズを推定します.
stam: マイクロアレイ・データの構造化分析 (STructured Analysis of Microarray data).
stepNorm: cDNA マイクロアレイについてのステップワイズ正規化関数群 (Stepwise normalization functions for cDNA microarrays).
tilingArray: タイリング・アレイ (tiling arrays) の分析.
timecourse: 発生的マイクロアレイ経時変化データについての統計的分析 (Statistical analysis for developmental microarray time course data).
tkWidgets: Bioconductor パッケージ群に機能を与える Tcl/Tk ウィジェット.
twilight: 局所的な false discovery rate　の推定.
vsn: Affymetrix および cDNA アレイ・データの両方についての校正 (calibration) および分散安定化変換 (variance stabilizing transformations).
webbioc: いくつかの Bioconductor パッケージを用いてマイクロアレイ分析を実行するための統合された web インターフェイス.
widgetInvoke: 関数群の評価ウィジェット.
widgetTools: Tcl/Tk ウィジェット, つまり, 小規模のグラフィカル・ユーザー・インターフェイスを生成するためのツール群.
xcms: LC/MS および GC/MS のデータ分析: クロマトグラフ的に分離した質量スペクトル・データ (chromatographically separated mass spectral data) の処理および可視化のための枠組み.
y2hStat: 酵母 2-ハイブリッド (Yeast 2-Hybrid) データセットの分析.