cygwin のアンインストール手順

http://cygwin.com/faq/faq.setup.html#faq.setup.uninstall-all より:

cygwin で各種サービス (cron など) を動かしている場合は, http://cygwin.com/faq/faq.setup.html#faq.setup.uninstall-service に従って削除する
X11 サーバーが動作している場合は停止する. cygwin のプログラムがバックグラウンドで動作している場合はそれらも停止する. 'umount -A' を実行してすべてのマウント情報を削除する. cygwin のコマンド・プロンプトを exit する
cygwin のルートおよびすべてのサブ・フォルダーを削除する. その際, 一部のファイルやフォルダーが削除できない場合がある. そのような場合, もしも, cygwin のサービスやプログラムがまだ動いているならば, きちんと停止する必要がある. あるいは, 'アクセス拒否' エラーが起こる場合 (※SYSTEM が所有者になっていて, administrator でも削除できない場合がある), 当該ファイル/フォルダーのアクセス許可と所有者を変更する必要がある. そのための手っ取り早い方法は, cygwin のルート・フォルダー (たとえば, c:\cygwin) のアイコンを右クリックして, プロパティ →「セキュリティ」タブ → 詳細設定 →「所有者」タブ → 所有者の変更: Administrators を選択 → 「サブコンテナとオブジェクトの所有者を置き換える」にチェック → OK を実行する. この所有者を変更する処理が済めば (※cygwin のルート以下のすべてのファイル/フォルダーの所有者を変更するのでかなり時間がかかります) cygwin のルート・フォルダーごと削除できるようになる
デスクトップやスタート・メニューにある cygwin のショートカットを削除する. cygwin の setup.exe によってこれまでにダウンロードされたファイル類が残っていれば削除する
Windows の環境変数 (PATH 等) に cygwin の設定があれば適宜削除する
レジストリー HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Cygnus Solutions と HKEY_CURRENT_USER\Software\Cygnus Solutions を削除する